Club Independiente Santa Fe
La campaña 1995-96 se inició con muchas caras nuevas en el equipo y con Rafael Benítez en el banquillo, pero los malos resultados provocaron su destitución y que Marcos Fernández contratase de nuevo a Vicente Cantatore, iniciándose su segunda etapa en el club. La temporada continuó con Sergije Krešić en el banquillo, cerrándose la Liga con el undécimo puesto y cayendo en segunda ronda de la Copa de la UEFA frente al Spartak de Moscú. La temporada 2004-05 empezó en 2ª con Sergio Krešić de entrenador, en una plantilla concebida para el ascenso, pero tras malos resultados fue sustituido por Marcos Alonso Peña, paginas para comprar camisetas de futbol quedando 6º a más de diez puntos del ascenso.
En la temporada 2006-07, los blanquivioletas, dirigidos por José Luis Mendilibar, ascendieron con brillantez, siendo campeones de Segunda y batiendo los récords de imbatibilidad y de puntos. En la temporada 2011-12 el equipo terminó en tercera posición de la liga regular con 82 puntos y consiguió el ascenso a Primera División de la mano de Miroslav Đukić tras superar en las eliminatorias al Córdoba C.F. El partido se jugará en el Camp Nou, que volverá a poder albergar más de 98.000 espectadores gracias a que se han terminado las restricciones de aforo por la pandemia.
Él y Manolo Hierro descubrieron el talento del hermano del segundo, Fernando Hierro, que militaba en el Vélez C. F. Gracias a los buenos frutos que salían de la cantera, el Valladolid inició una etapa de traspasos millonarios, como los de Eusebio y Juan Carlos, camisetas de futbol guapas mientras se asentaban jugadores como Manolo Hierro y Ravnić. La siguiente Liga se cerró con un 16.º puesto, y la segunda participación europea, lograda gracias al subcampeonato copero anterior, fue notable, cayendo por penaltis en cuartos de final de la Recopa ante el AS Mónaco. En la temporada 2008-09, el equipo llegó a rozar los puestos europeos, pero una nefasta racha final hizo que tuviera que jugarse la permanencia en el último partido de Liga en el Estadio Manuel Ruiz de Lopera ante el Betis, logrando un empate salvador que condenaba a los verdiblancos.
En verano de 1963 se hace cargo del equipo el mítico exjugador Pasieguito, aunque no tuvo fortuna como técnico en esta primera etapa ya que en enero de 1964 fue destituido por muy malos resultados en liga que llevaron al equipo a mirar de cerca los puestos de descenso, y su sustituto fue el exdelantero Mundo, hasta entonces técnico del filial. Para el 2015, Adidas lanzó un nuevo uniforme de Colombia para la Copa América de Chile y Eliminatorias hacia Rusia 2018, este conserva el mismo diseño al utilizado en las eliminatorias hacía Brasil 2014, con la diferencia que esta vez posee en el pecho un patrón con tres tonos de color amarillo, que simulan la bandera de Colombia; aunque por decisión del cuerpo técnico, la pantaloneta como las medias serían remplazados por las que vienen con el uniforme alterno, es decir, en blanco.
La temporada 2012-13 el equipo consiguió salvarse a falta de 4 jornadas para el final y se mantuvo en la Primera División, aunque virtualmente se salvó varios meses antes de acabar la liga. En la Copa de la Liga de la temporada 1983-84, el Real Valladolid eliminó a equipos teóricamente superiores: al Zaragoza en primera ronda, al Sevilla F. C. en cuartos y al Real Betis en semifinales, llegando a la final contra el Atlético de Madrid. Nada más retornar a Primera, Caminero fichó por el Atlético de Madrid y el equipo consiguió salvar la categoría tras vencer en la promoción al C. D. Toledo.
Poli Ejido, actualmente refundado como Club Deportivo El Ejido 2012, no lo iba a poner fácil a pesar de no tener nada en juego en esa jornada y estar salvado desde la anterior, y después una primera parte que podía cumplir con un guion de pacto entre hermanos, tras el descanso, el Polideportivo Ejido se desfondó en busca de una victoria innecesaria, y cerca estuvo de lograrla, ya que en el minuto 50 marcaría José Manuel Aira el 0-1 para Poli Ejido, sin embargo, uno de los jugadores más importantes, reconocidos y queridos de historia de la U.D. Tras la final de Copa, Fernando Hierro fichó por el Real Madrid y Vicente Cantatore pasó a entrenar al Sevilla F. C., llegando a su vez jugadores como Caminero y Amavisca.
Tras el empate a cero de la ida en el Vicente Calderón, el 30 de junio de 1984 los pucelanos derrotaron en el Nuevo Zorrilla a los rojiblancos en la prórroga por 3-0, con goles de Votava en propia puerta, Fortes y Minguela. El papel del club en la temporada 1988-89 fue sobresaliente, terminando la Liga en sexto lugar y alcanzando la final de Copa, que se disputó el 30 de junio de 1989 ante el Real Madrid en el Estadio Vicente Calderón. En enero de 2000, el club se hizo con la cesión del jugador japonés Shoji Jo, convirtiéndose en el primer club de la historia de la Liga en contar con un jugador nipón en sus filas.
Con él, aquel joven Valladolid comenzó a ganar seguridad, y con la promesa de Marcos Fernández de no vender y reforzar la plantilla se creó una gran expectación en la ciudad que atrajo más de 18 000 abonados para la Liga que se disponía a comenzar. El equipo llegó a disputar las eliminatorias de ascenso, pero tras perder por tres goles a uno el partido de vuelta ante el Elche C. F., el Real Valladolid quedó eliminado. Para la campaña siguiente se contrató a Gregorio Manzano, que dejó al equipo a las puertas de la competición europea.